Sistem Penjaminan Mutu (SPM) UII disusun dengan mengacu pada sepuluh bidang utama yang terangkum dalam akronim MERCY OF GOD. Dari sepuluh bidang tersebut, dikembangkan menjadi 45 standar turunan yang secara filosofis memiliki makna khusus, yaitu mengingatkan kita pada tahun berdirinya Universitas Islam Indonesia pada 1945 – sebuah momentum bersejarah yang sejalan dengan kemerdekaan bangsa Indonesia.