Berlandaskan kebutuhan sistem manajemen organisasi berbasis pada kualitas yang mampu memenuhi kebutuhan dan harapan stakeholders. maka Universitas Islam Indonesia (UII) menerapkan Sistem Penjaminan Mutu berbasis ISO 9001:2008 dan Prinsip Penjaminan Mutu Dikti dengan lingkup penerapan di bidang akademik dan non akademik.
Sistem Penjaminan Mutu (SPM) yang diterapkan di UII berfungsi untuk mengelola, mengevaluasi, memonitor dan mengawal kinerja lembaga pendidikan tinggi secara sistematis. Penjaminan Mutu UII memastikan/menjamin input, proses dan output sesuai dengan standar mutu yang ditetapkan. Salah satu caranya adalah dengan menjadikan Mutu di UII sebagai budaya yang ditunjukkan oleh sikap, kebiasaan, perilaku berorganisasi, etos bekerja, berkarya, melayani, berinteraksi dengan kolega, pimpinan dan masyarakat dengan hasil yang terbaik. Budaya mutu bisa dibangun dan dikembangkan dengan komitmen semua warga UII.
Unit Pelaksana SPM di lingkungan UII adalah Badan Penjaminan Mutu (BPM), tercermin dalam Struktur Organisasi UII. Badan Penjaminan Mutu Universitas Islam Indonesia dididirikan pada tanggal 1 Maret 1999 dengan nama Badan Kendali Mutu dan Pengembangan Pendidikan (BKMPP) dengan Surat Keputusan Rektor No.23/B.6/Rek/II/1999 tentang Organisasi Badan Kendali Mutu dan Pengembangan Pendidikan dan SK Rektor No. 24/B.6/Rek/III/1999 tentang susunan dan personalia Badan Kendali Mutu dan Pengembangan Pendidikan. BKMPP Universitas Islam Indonesia mempunyai tugas utama antara lain pembuatan, penerapan dan pengembangan Sistem Manajemen Mutu (SMM) serta pengembangan konsep-konsep dan disain pendidikan di Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta. SMM yang dikembangkan berbasis pada ISO 9001: 1994.
Dalam perkembangannya, BKMPP sejak tanggal 20 September 2003 dipisah menjadi 2 (dua) badan yaitu Badan Kendali Mutu (BKM) dan Badan Pengembangan Akademik (BPA) sesuai dengan Surat Keputusan Rektor No: 288./SK-Rek./BAU/IX/2003, tentang Pembubaran Badan Kendali Mutu dan Pengembangan Pendidikan (BKMPP) UII dan Surat Keputusan Rektor No : 289/SK-Rek/BAU/IX/2003, tentang Pembentukan Badan Kendali Mutu (BKM) UII. Orientasi SMM berbasis pada ISO 9001:2000 dan ISO 9004:2000.
Pada tahun 2006, nama Badan Kendali Mutu berubah menjadi Badan Penjaminan Mutu (BPM) UII mengacu pasal 91 ayat 1, 2 dan 3 pada PP No.19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan, dan Peraturan Harian Badan Wakaf No. 03 Tahun 2006 tentang Stuktur Organisasi UII dan istilah Sistem Manajemen Mutu diubah menjadi Sistem Penjaminan Mutu (SPM). Model yang digunakan tetap mengacu pada ISO 9000 yang dikombinasikan dengan Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI).
Pada tahun 2008, UII memutuskan dan merencanakan untuk memperoleh sertifikasi Quality Management Systems (QMS) ISO 9001. Untuk itu BPM melakukan penyesuaian-penyesuaian dokumen Sistem Penjaminan Mutu yang dipersyaratkan oleh QMSISO 9001:2008. Sertifikasi Quality Management Systems for Higher Education Services ISO 9001:2008 diperoleh tahun 2009 untuk seluruh fakultas, direktorat dan badan di lingkungan UII dari lembaga sertifikasi TUV Rheiland.
Di tahun 2009, UII ditetapkan sebagai Perguruan Tinggi yang memperoleh skor tertinggi untuk Hasil Evaluasi Implementasi Sistem Penjaminan Mutu Internal Perguruan Tinggi tahun 2008 berdasarkan site verication dan technical assistance dari DIKTI.
Pada tahun 2010 untuk meningkatkan kualitas pelayanan dan kinerja laboratorium pengujian, UII mengimplementasikan penjaminan mutu untuk laboratorium pengujian dengan menggunakan standar ISO/IEC 17025 serta menilai pentingnya pengakuan eksternal berupa adanya sertifikat akreditasi laoratorium dari Komite Akreditasi Nasional (KAN). Laboratorium pengujian yang sudah terakreditasi KAN adalah Laboratorium Terpadu UII, Laboratorium Kualitas Lingkungan FTSP UII dan Laboratorium Pengujian Obat, Makanan dan Kosmetik FMIPA-Farmasi UII. Sertifikat yang diperoleh berdasarkan standar ISO/IEC 17025 (Standar Umum Kompetensi Pengujian dan Kalibrrasi untuk Laboratorium). Dalam hal ini BPM turut mengawal serta mendampingi agar konsistensi implementasi sistem tersebut dapat terjaga dan mampu terintegrasi dengan SPM UII. Langkah ini selanjutnya akan diikuti oleh Laboratorium Pengujian yang lain di lingkungan UII.