Dalam melaksanakan perannya dalam pengawalan dan pengembangan Sistem Penjaminan Mutu di UII, Badan Penjaminan Mutu (BPM) dipimpin oleh seorang Kepala dan didukung oleh tiga Kepala Bidang dan satu Kepala Divisi, yaitu:
- Kepala Bidang Pengendali Sistem Mutu (KBPSM),
- Kepala Bidang Analis Data (KBAD), dan
- Kepala Bidang Audit Mutu Internal dan Monitoring-Evaluasi (KBAMI),
- Kepala Divisi Sistem Informasi Sistem Penjaminan Mutu (Kadiv SISPM).
Dalam pelaksanaan tugasnya, KBPSM dibantu oleh Koordinator Pengendali Dokumen (KPD) dan staf administrasi. Selain itu, BPM juga didukung oleh unit pelaksana SPM di tingkat fakultas dan program studi, yaitu Pengendali Sistem Mutu Fakultas (PSMF) serta Pengendali Sistem Mutu Jurusan/Program Studi (PSM J/PS).
