Dalam menjalankan peranannya dalam mengawal dan pengembangan Sistem Penjaminan Mutu di UII, BPM dipimpin oleh seorang Kepala dan dibantu oleh 3 orang Kepala Bidang yaitu Kepala Bidang Pengendali Sistem Mutu (KBPSM), Kepala Bidang Analis Data (KBAD), serta Kepala Bidang Audit Mutu Internal dan Monev (KBAMI). BPM dibantu unit pelaksana SPM di lingkungan Fakultas disebut Pengendali Sistem Mutu Fakultas (PSMF) serta Pengendali Sistem Mutu Jurusan/Program Studi (PSM J/PS).