Dalam menjalankan peranannya dalam mengawal dan pengembangan Sistem Penjaminan Mutu di UII, BPM dipimpin oleh seorang Kepala dan dibantu oleh 4 orang Kepala Bidang yaitu Kepala Bidang Pengendali Sistem Mutu (KBPSM), Kepala Bidang Pengukuran Statistik dan Sistem Informasi (KBSSI), Kepala Bidang Pelatihan dan Kerjasama (KBPKS) serta Kepala Bidang Audit Mutu Internal (KBAMI). BPM dibantu unit pelaksana SPM di lingkungan Fakultas disebut Pengendali Sistem Mutu Fakultas (PSMF) serta Unit Satuan Tugas Pengendali Mutu Program Studi.